铁路施工总承包资质的审批是由交通部门和住建部门联合进行的。

施工总承包资质序列特级资质、一级资质及铁路工程施工总承包二级资质可能由国务院住房城乡建设主管部门进行许可。而施工总承包资质序列二级资质及铁路、通信工程施工总承包三级资质可能由企业工商注册所在地省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门许可。

具体审批部门需要根据所申请的铁路施工总承包资质等级和地区来确定。建议企业在申请前，先咨询当地相关部门或专业机构，了解具体的审批流程和要求。

特级和一级铁路工程施工总承包资质:通常由国务院住房和城乡建设主管部门(住建部)联合交通运输部或直接由国家发改委等相关部门进行许可审批。

二级铁路工程施工总承包资质:由省级人民政府住房城乡建设主管部门在得到上级指导和授权后进行审批。

三级铁路工程施工总承包资质:一般情况下,由企业工商注册所在地的省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门负责审批。