铁路总包资质的审批部门是铁道部或国务院建设行政主管部门。一级工程施工总承包和一级施工承包资质的审查由铁道部进行，而国务院建设行政主管部门则进行批准。而二级工程施工总承包以及二、三级施工承包资质的审批则由铁道部完成。一旦企业通过审查批准，资质管理部门将颁发相应的《建筑业企业资质证书》。此后，企业还需要将经过审批的《建筑业企业资质申请表》提交给所在地的省、自治区、直辖市人民政府建设行政主管部门备案。

铁路总包资质的审批流程会因地区而异，但大部分地区的审批是由相应的省级政府机构来执行的。